整理者蒙默先生按照蒙氏著作的内容将其分为儒学甄微、诸子甄微、道教甄微、史学甄微、古史甄微、古礼甄微、古族甄微、古地甄微、甄微别集等九卷（全六册），其学术脉络更加清晰；并增加了文集未收录的蒙氏手稿、诗词杂著、佚文、学术年谱等近百万字，使本书成为目前最全的蒙氏著作汇编；在编校上，还对文集的体例进行了统一规范，对明显的错误进行了修正。